Plusieurs décrets publiés le 12 juin 2026 réforment en profondeur les règles applicables aux arrêts de travail, à leur indemnisation et à leur suivi médical. Ces nouvelles dispositions portent notamment sur les durées de prescription des arrêts, le contrôle médical, les modalités de reprise d’activité et les conditions de versement des indemnités journalières.
Prescription des arrêts de travail : de nouvelles durées maximales
Les décrets n° 2026-498 et n° 2026-499 encadrent désormais la durée des prescriptions d’arrêts de travail :
- la prescription initiale est limitée à 31 jours ;
- les prolongations sont plafonnées à 62 jours.
Ces nouvelles règles produisent des effets différents selon le statut de l’agent. Pour les fonctionnaires titulaires, elles ne remettent pas en cause les droits statutaires au congé de maladie. En revanche, pour les agents contractuels affiliés au régime général, leur respect conditionne le versement des indemnités journalières : une prescription non conforme peut entraîner un refus d’indemnisation.
Un contrôle médical renforcé pour les arrêts prolongés
Le décret n° 2026-499 prévoit qu’après trois mois de renouvellement continu d’un arrêt de travail, le médecin prescripteur peut solliciter l’avis du contrôle médical de la Sécurité sociale.
Cette mesure concerne principalement les agents contractuels. Les fonctionnaires titulaires demeurent soumis aux procédures statutaires, notamment à l’avis des conseils médicaux.
Le texte assouplit également les règles applicables aux arrêts prescrits par les sages-femmes dans certaines situations, afin de simplifier les démarches.
Une durée maximale d’indemnisation en cas d’AT/MP
Le décret n° 2026-501 fixe à quatre ans la durée maximale de versement des indemnités journalières en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle (AT/MP).
Cette limitation s’applique aux agents contractuels de droit public relevant du régime général. Les fonctionnaires titulaires continuent, quant à eux, de relever du régime du congé pour invalidité temporaire imputable au service (CITIS), avec maintien de leur traitement jusqu’à la guérison, la consolidation de leur état ou leur mise à la retraite.
Des évolutions pour les visites de pré-reprise et de reprise
Le décret n° 2026-503 du 12 juin 2026 modifie les modalités du suivi médical des agents en arrêt de travail.
Désormais, l’employeur est informé de l’organisation d’une visite de pré-reprise, même en l’absence de recommandation du médecin du travail, sauf opposition du salarié.
Le texte prévoit également qu’une visite de reprise n’est plus obligatoire lorsqu’une visite de pré-reprise a déjà été organisée et que les conditions prévues par le décret sont réunies.
Ces nouvelles dispositions s’appliquent aux arrêts de travail prescrits à compter du lendemain de la publication du décret au Journal officiel, soit le 15 juin 2026.