La fin du suspense pour les organisations syndicales : le Conseil d’État vient de rejeter les recours contre la réforme du Congé de Maladie Ordinaire (CMO). L’indemnisation des agents publics durant les trois premiers mois de leur arrêt est désormais officiellement confirmée à 90 % du traitement.
Un alignement entériné par la loi de février 2025
Cette réforme, qui marque un tournant dans la gestion de la protection sociale des agents publics, découle directement de la loi du 14 février 2025. L’article 189 de ce texte a modifié le Code général de la fonction publique (article L. 822-3), abaissant le maintien de salaire de 100 % à 90 % pour le premier trimestre d’arrêt maladie.
Le périmètre de cette mesure est vaste et concerne l’ensemble des versants de la fonction publique :
- les fonctionnaires d’État, territoriaux et hospitaliers ;
- les militaires ;
- les agents des administrations parisiennes et des communes polynésiennes.
Les décrets d’application n° 2025-197 et n° 2025-198 du 27 février 2025 ont parachevé ce dispositif en harmonisant le régime de « différentes autres catégories d’agents publics » sur ce nouveau socle.
Le principe d’égalité face au secteur privé : l’arbitrage des juges
Les syndicats avaient saisi la Haute juridiction pour excès de pouvoir, arguant que cette réforme créait une rupture d’égalité manifeste. Selon les requérants, les agents publics étaient injustement ciblés par l’effort de réduction des dépenses budgétaires par rapport aux salariés du secteur privé.
L’argument a été écarté par le Conseil d’État qui rappelle deux principes fondamentaux :
- Des situations distinctes : les agents publics et les salariés du privé ne sont pas dans une situation juridique identique (différences de statut, de droits sociaux et de gestion des congés de santé).
- Un objectif de cohérence : les décrets visent justement à unifier les règles au sein même de la fonction publique, évitant ainsi des disparités internes entre catégories d’agents.
Les juges estiment donc que les moyens tirés de la violation du principe d’égalité ou de non-discrimination ne sont pas fondés.
Risques pour la santé : un manque de preuves selon la Cour
L’un des points de friction majeurs portait sur les conséquences sanitaires de cette baisse de revenus. Les syndicats craignaient que la perte financière ne pousse les agents au présentéisme, entraînant :
- une aggravation de l’état de santé des personnels ;
- des risques accrus de contamination (notamment dans les écoles) ;
- un impact sur l’indemnisation de certains congés pathologiques liés à la grossesse.
Cependant, le Conseil d’État a jugé ces arguments insuffisants. La Cour souligne que les requérants se sont limités à des allégations générales sans apporter de preuves concrètes ou d’études d’impact démontrant que cette baisse de 10 % provoquerait effectivement de tels risques.
Ce qu’il faut retenir pour les services RH
La décision rendue le 26 mars 2026 clôt définitivement le débat juridique sur la légalité de ces décrets. Pour les gestionnaires RH et les collectivités, cela signifie :
- application immédiate : les décrets du 27 février 2025 restent pleinement en vigueur ;
- paie et indemnisation : le calcul de l’indemnisation à 90 % durant les 90 premiers jours est désormais la règle consolidée ;
- climat social : si la base légale est validée, la question de la prévoyance complémentaire (pour couvrir les 10 % restants) devient un sujet central de négociation pour les mois à venir.
